Doktorand i biokemi till Stockholms universitet

Plats
Stockholm (Stad) (SE)
Annonserat
den 10 april 2017
Stängs
den 2 maj 2017
Ref:
SU FV-0882-17
Kontakta
Stefan Nordlund
Anställningsform
Projekt
Arbetstid
Heltid
Verksamhetsområde
Offentlig sektor

Ref.nr SU FV-0882-17​
Sista ansökningsdag: 2017-05-02.

Doktorand i biokemi med inriktning mot bioinformatik (D)
institutionen för biokemi och biofysik.

Institutionens lokaler ligger huvudsakligen i Arrheniuslaboratorierna tillsammans med de andra kemiinstitutionerna och andra institutioner inom “Life Science”. Mer än 200 personer, varav ungefär 90 doktorander, är för närvarande verksamma vid institutionen. Forskningen spänner över ett brett område och är inom många av projekten av absolut högsta världsklass. Institutionen har stark koppling till Science for Life Laboratory. Forskningen som bedrivs är unik i Sverige och också i världen genom dess tvärvetenskapliga karaktär och inkluderar bl.a. cellbiologi, biokemi, biofysik och teori. För mer information om vår verksamhet, se vår webbplats: www.dbb.su.se.

Projektbeskrivning
Dina studier på forskarnivå inom biokemi med inriktning mot bioinformatik kommer att bedrivas inom projektet "Modellering av lipiders växelverkan med membranproteiner från neutronspridningsdata". Projektledare: Erik Lindahl, erik.lindahl@dbb.su.se.

Membranproteiner är välkänt svåra att överuttrycka och kristallisera, och för att kunna bestämma deras struktur måste man stabilisera dem i artificiella lipid-miceller eller ”nanodiskar”. Flera viktiga receptorer som ligandstyrda jonkanaler fungerar överhuvudtaget inte utan en specifik sammansättning av lipider, och deras funktion påverkas kraftigt av t.ex. anestetika eller alkoholer som är lösliga i cellmembranet. Den här sortens komplex är svåra att karaktärisera eftersom lipider inte binder starkt till membranproteiner, utan deras växelverkan är svagare och av mer dynamisk natur. Det här är viktigt ur biologisk synpunkt (bedövning, beroendesjukdomar, design av läkemedel), men det har varit nästan omöjligt att studera med traditionella metoder. Målet med det här projektet är att kombinera datormodeller och simuleringar av lipid–protein-komplex med data från neutronspridning i låg vinkel (small angle neutron scattering, SANS). En stor fördel med SANS är att det producerar data vid rumstemperatur där växelverkningar och dynamik för komplexen är realistiska, i motsats till kristaller i flytande kväve. Däremot är SANS begränsat av att det inte producerar 3D-data, utan bara lågupplösta spektrum. För att hantera det här kommer du att utveckla modeller som bygger på Bayesiansk statistik för att formulera bivillkor som gör det möjligt att skapa modeller av lipiders struktur och dynamik med hög upplösning i datormodeller. Det Bayesianska sättet att formulera problemet gör det också möjligt att utveckla tekniker som modellerar hela spridningsprocessen (inklusive instrumentens egenskaper) direkt från simuleringar av molekylära system för att bestämma vilken modell som är mest sannolik att ha genererat de experimentella data. Det här projektet är en del av den svenska forskarskolan i neutronforskning (SwedNess, www.swedness.se), ett samarbete mellan sex svenska forskningsuniversitet med stöd av Stiftelsen för Strategisk forskning (SSF). En del av forskarutbildningen består av ett gemensamt kursprogram som ges på olika orter i Sverige av de deltagande universiteten. Forskarutbildningsprojektet kommer även att omfatta en eller flera längre vistelser hos samarbetspartners som är specialiserade på experimentella studier av neutronspridning för lipider och membranproteiner.

Behörighetskrav 
Grundläggande behörighet har den som avlagt examen på avancerad nivå, fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, eller på annat sätt inom eller utom landet förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.

För särskild behörighet att antas till utbildning på forskarnivå i bioinformatik krävs, att den sökande inom utbildning på grundnivån har godkänt resultat på kurser om minst 90 högskolepoäng, antingen i a) kemi/molekylärbiologi/bioteknik, eller b) datalogi/matematik/fysik, och ett självständigt arbete om minst 30 högskolepoäng samt kurser på avancerad nivå inom molekylära livsvetenskaper, datalogi, matematik, fysik och/eller bioinformatik så att totalt 60 högskolepoäng på avancerad nivå uppnås. Särskild behörighet har också den som i annan ordning inom eller utom landet förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper, vilket bedöms av examinator och/eller studierektor för utbildning på forskarnivå.

Som doktorand får endast den anställas som antas eller redan är antagen till utbildning på forskarnivå vid en högskola. Vid anställning som doktorand/antagning till utbildning på forskarnivå ska avseende fästas främst vid graden av förmåga att tillgodogöra sig utbildning på forskarnivå.

Urval
Urval bland de sökande görs med hänsyn till förmågan att tillgodogöra sig utbildning på forskarnivå. Viktiga bedömningsgrunder är följande: förtrogenhet med teori, skicklighet inom ämnesområdet för avhandlingsarbetet, förmåga att uttrycka sig i tal och skrift på engelska och/eller svenska, analytisk förmåga, kreativitet, initiativförmåga, självständighet och samarbetsförmåga. Till grund för att bedöma hur den sökande uppfyller dessa krav används tidigare studiers relevans för ämnet, betyg på genomgångna högskolekurser (särskilt de på avancerad nivå), kvalitet och omfattning på det självständiga arbetet, referenser till personer som kan beskriva den sökandes färdigheter och intervjuer.

Antagningsordning för utbildning på forskarnivå vid Stockholms universitet finns på: www.su.se/regelboken/bok-2/forskarutbildning-och-forskning/2.8563/antagningsordning-f%C3%B6r-utbildning-p%C3%A5-forskarniv%C3%A5-1.26112.

Anställningsvillkor 
En ny anställning som doktorand gäller för högst ett år. Anställningen får förnyas med högst två år i taget. Den sammanlagda anställningstiden får dock inte vara längre än vad som motsvarar fyra års utbildning på forskarnivå på heltid.

Den som är anställd som doktorand ska främst ägna sig åt sin egen utbildning på forskarnivå, men får arbeta högst 20 % med utbildning, forskning och administration.

Observera att beslut om anställning som doktorand inte kan överklagas.

Stockholms universitet strävar efter att vara en arbetsplats som är fri från diskriminering och ger lika möjligheter för alla.

Kontakt
Ytterligare information lämnas av projektledaren. Allmän information angående forskarutbildningen kan fås från Stefan Nordlund, studierektor, stefan@dbb.su.se, eller Lena Mäler, prefekt, lena.maler@dbb.su.se.

Fackliga företrädare
Anqi Lindblom-Ahlm (Saco-S) och Lisbeth Häggberg (Fackförbundet ST och Lärarförbundet), tfn 08-16 20 00 (vx), seko@seko.su.se (SEKO), samt doktorandrepresentant, doktorandombud@sus.su.se.

Ansökan
Du söker anställningen via Stockholms universitets rekryteringssystem genom att klicka på knappen ”Ansök”. Du som sökande ansvarar för att ansökan är komplett i enlighet med annonsen och att den är universitetet tillhanda senast sista ansökningsdag.

När du ansöker ber vi dig att fylla i följande uppgifter

  • dina kontakt- och personuppgifter
  • din högsta examen
  • dina språkkunskaper
  • kontaktinformation för 2–3 referenspersoner

och att bifoga följande dokument

  • personligt brev
  • CV – examina och övriga utbildningar, arbetslivserfarenhet och förteckning över självständiga arbeten/uppsatser
  • projektplan/forskningsplan (bör ej överstiga 3 sidor) som beskriver:
    – varför du är intresserad av det i annonsen beskrivna ämnet/projektet
    – varför och hur du vill bedriva projektet 
    – vad som gör dig lämplig för det aktuella projektet
  • examensbevis, betyg och intyg som styrker grundläggande och särskild behörighet (max 6 filer)
  • eventuella rekommendationsbrev (max 3 filer)
  • självständiga arbeten/uppsatser (max 3 filer).

Anvisningar för sökande finns på webbsidan: www.su.se/om-oss/lediga-anst%C3%A4llningar/anvisningar-s%C3%B6kande.

Välkommen med din ansökan!

Stockholms universitet – hos oss ger utbildning och forskning resultat.

Sista ansökningsdag: 2017-05-02